Os programas de mestrado e doutorado em Sociologia e Ciência Política da UERJ foram criados em novembro de 2010. Reproduzem formato, estatuto e procedimentos que, na instituição de origem de seus professores, o antigo IUPERJ, garantiram excelência na pós-graduação brasileira durante 41 anos. O mestrado prevê um prazo máximo de dois anos para ser completado. Durante esse período, o aluno é submetido a uma intensa formação teórica e metodológica na área de sua especialização. Os aprovados, uma vez completados 27 créditos, fazem jus ao título de especialização. Durante o quarto semestre preparam um dossiê que inclui, além do histórico escolar, uma dissertação a ser defendida perante uma banca de três professores (um externo). Os aprovados recebem o título de mestre e podem ser admitidos ao doutorado.
O doutorado destina-se à formação de pesquisadores e centra-se na pesquisa original e produção de teses. Tem caráter misto, ou semi-tutorial, com maior flexibilidade para o aluno e maior responsabilidade para o professor-orientador, mas ao mesmo tempo com controles institucionais sobre o fluxo dos alunos. Os créditos são cumpridos pela freqüência a disciplinas, exigindo-se também a participação em três seminários de pesquisa, sendo um de projeto e os outros dois de tese. Ao final do primeiro ano, o aluno deve defender o projeto de tese, que funciona também como um exame de qualificação para prosseguimento do doutorado. A defesa da tese deve ser feita, no máximo, até o final do oitavo semestre acadêmico.